《热带海洋学报》是中国自然科学核心期刊，《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国科学引文数据库》、《万方数据——数字化期刊群》、北京大学《中文核心期刊要目总览》来源期刊，已为《中国学术期刊（光盘版）》和《中国期刊网》全文收录，并已入选中国期刊方阵；同时，《热带海洋学报》还被美国《化学文摘》和《水科学与渔业文摘》、俄罗斯《文摘杂志》、日本《科学技术文献速报》及英国《动物学记录》收录为源期刊。