基于网络药理学、分子对接和量子化学虚拟筛选潜在抗骨关节炎海参活性肽及其机理*

doi:10.11978/2025011

热带海洋学报 ›› 2025, Vol. 44 ›› Issue (6): 176-187.doi: 10.11978/2025011CSTR: 32234.14.2025011

基于网络药理学、分子对接和量子化学虚拟筛选潜在抗骨关节炎海参活性肽及其机理^*

段艾伶¹^,²(), 黎思¹^,², 赵祥弹¹^,², 陈华²(), 万鹏², 陈得科², 蔡冰娜², 潘剑宇²()

¹ 中国科学院大学, 北京 100049
² 中国科学院南海海洋研究所, 热带海洋环境与岛礁生态全国重点实验室/广东省海洋药物重点实验室, 广东广州 510301

收稿日期:2025-01-15 修回日期:2025-03-26 出版日期:2025-11-10 发布日期:2025-12-03
通讯作者: 潘剑宇, email: jypan@scsio.ac.cn;陈华, email: chenhua@scsio.ac.cn
作者简介:
段艾伶(2000—), 女, 四川省成都市人, 硕士研究生, 从事海洋生物活性肽的分离纯化与活性研究。email: Aileen.Duan@outlook.com
基金资助:
广东省海洋经济发展专项(GDNRC[2024]49)

Virtual screening of potential anti-osteoarthritic peptides from sea cucumber and their mechanisms based on network pharmacology, molecular docking, and quantum chemistry calculation*

DUAN Ailing¹^,²(), LI Si¹^,², ZHAO Xiangtan¹^,², CHEN Hua²(), WAN Peng², CHEN Deke², CAI Bingna², PAN Jianyu²()

¹ University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China
² State Key Laboratory of Tropical Oceanography/Guangdong Key Laboratory of Marine Materia Medica, South China Sea Institute of Oceanology, Chinese Academy of Sciences, Guangzhou 510301, China

Received:2025-01-15 Revised:2025-03-26 Online:2025-11-10 Published:2025-12-03
Contact: PAN Jianyu, email: jypan@scsio.ac.cn;CHEN Hua, email: chenhua@scsio.ac.cn
Supported by:
Marine Economic Development Project of Guangdong(GDNRC[2024]49)

摘要/Abstract

摘要：

骨关节炎(osteoarthritis, OA)是一种慢性关节退行性疾病, 其特征是关节软骨逐渐丧失和关节结构的破坏。本文研究了海参肽在抗OA的潜在作用, 通过计算机模拟胃肠道酶解过程和在线数据库预测, 筛选出海参蛋白中的活性肽段。结合网络药理学、分子对接和量子化学计算, 虚拟筛选得出一条具有潜在抗OA活性的海参候选肽(phenylalanine-aspartic acid-proline-valine-isoleucine-glutamic acid-glutamic acid-tyrosine-histidine-asparagine-glycine-phenylalanine, FDPVIEEYHNGF)。进一步的分析揭示, 该肽可能通过调节白细胞介素-17和肿瘤坏死因子信号通路, 抑制炎症反应、胶原降解以及基质金属蛋白酶的活性, 缓解OA。海参肽可能与OA的潜在核心靶点金属蛋白酶9、白细胞介素-17受体A亚基形成氢键, 进而影响相关信号通路, 减少炎症反应, 干预细胞外基质重塑, 减轻对胶原的破坏。本研究为海参肽作为功能性食品成分应用于骨关节炎的食品开发提供了新的思路。

关键词: 海参肽, 骨关节炎, 网络药理学, 分子对接, 量子化学

Abstract:

Osteoarthritis (OA) is a chronic degenerative joint disease characterized by the progressive loss of articular cartilage and the destruction of joint structures. This study investigates the potential role of sea cucumber peptides in combating OA. Potential bioactive peptides from sea cucumber protein were identified through computer simulations of gastrointestinal digestion and online database predictions. Using network pharmacology, molecular docking, and quantum chemical calculations, a sea cucumber peptide candidate (phenylalanine-aspartic acid-proline-valine-isoleucine-glutamic acid-glutamic acid-tyrosine-histidine-asparagine-glycine-phenylalanine, FDPVIEEYHNGF) with strong anti-OA activity was virtually screened. Further analysis suggests that this peptide may alleviate OA by modulating the IL-17 and TNF signaling pathways, inhibiting inflammation, collagen degradation, and the activity of matrix metalloproteinases (MMPs). The sea cucumber peptide may form hydrogen bonds with MMP9 and IL-17RA, potential core targets for OA, thereby influencing the related signaling pathways, reducing inflammation, intervening in extracellular matrix remodeling, and mitigating collagen degradation. This study provides new insights into the application of sea cucumber peptides as functional food ingredients in the development of therapeutic foods for OA.

Key words: sea cucumber peptides, osteoarthritis, network pharmacology, molecular docking, quantum chemistry

中图分类号:

R285

段艾伶, 黎思, 赵祥弹, 陈华, 万鹏, 陈得科, 蔡冰娜, 潘剑宇. 基于网络药理学、分子对接和量子化学虚拟筛选潜在抗骨关节炎海参活性肽及其机理^*[J]. 热带海洋学报, 2025, 44(6): 176-187.

DUAN Ailing, LI Si, ZHAO Xiangtan, CHEN Hua, WAN Peng, CHEN Deke, CAI Bingna, PAN Jianyu. Virtual screening of potential anti-osteoarthritic peptides from sea cucumber and their mechanisms based on network pharmacology, molecular docking, and quantum chemistry calculation*[J]. Journal of Tropical Oceanography, 2025, 44(6): 176-187.

图/表 9

表1

图1

图2

图3

表2

图4

图5

表3

附表1

105条肽的反应活性、抗炎活性、毒性及过敏性预测结果"

肽序列	活性预测	抗炎活性预测	毒性预测	过敏性预测
MVSLVPCGF	0.732412	阴性 (0.09)	无毒性	低过敏性
QGMCLDVEGSDGSGNVGIY	0.522422	阴性 (0.11)	无毒性	低过敏性
SGGSYCNGQWVDVHT	0.515439	阴性 (0.15)	无毒性	低过敏性
AYHNTMRF	0.809287	阴性 (0.18)	无毒性	低过敏性
CANEDCTF	0.668399	阴性 (0.23)	无毒性	低过敏性
FTNDQF	0.561741	阴性 (0.26)	无毒性	低过敏性
SGDLLVW	0.687684	阴性 (0.26)	毒性	高过敏性
AVLCPPAK	0.575315	阴性 (0.3)	毒性	低过敏性
TW	0.814447	——————————	无毒性	低过敏性
GVIF	0.679797	阳性 (0.91)	无毒性	低过敏性
INHCIF	0.814483	阴性 (0.32)	无毒性	低过敏性
VF	0.815398	——————————	无毒性	低过敏性
TW	0.814447	——————————	无毒性	低过敏性
GVIF	0.679797	阳性 (0.91)	无毒性	低过敏性
LVPCG	0.555399	阳性 (0.97)	无毒性	低过敏性
NDHGF	0.73823	阳性 (0.97)	无毒性	低过敏性
LYG	0.571687	阳性 (0.98)	无毒性	低过敏性
SPGPY	0.834009	阳性(0.69)	无毒性	低过敏性
IF	0.949173	——————————	无毒性	低过敏性
IG	0.501816	——————————	无毒性	低过敏性
LF	0.986934	——————————	无毒性	低过敏性
LL	0.618551	——————————	无毒性	低过敏性
LR	0.569984	——————————	无毒性	低过敏性
MR	0.849148	——————————	无毒性	低过敏性
IF	0.949173	——————————	无毒性	低过敏性
TRGCMWQ	0.562712	阴性 (0.33)	无毒性	低过敏性
SLADPAGR	0.560956	阴性 (0.34)	无毒性	低过敏性
LYPEIPSSQRWRL	0.73744	阴性 (0.36)	无毒性	低过敏性
LPGDNDQIPF	0.642526	阴性 (0.39)	无毒性	低过敏性
FAYDPSAQNKF	0.666363	阴性 (0.41)	无毒性	低过敏性
DDFPNF	0.927081	阴性 (0.42)	无毒性	低过敏性
PHMAKDKRFEEICTKMRL	0.767377	阴性 (0.47)	无毒性	低过敏性
CSCYPDWMAIPGSGCY	0.929117	阳性 (0.54)	毒性	高过敏性
FTSGGMARDFPDGRGIWHNDKKNFL	0.57984	阳性 (0.51)	无毒性	低过敏性
STW	0.608876	阳性 (0.52)	无毒性	低过敏性
SNTAPGCAPF	0.746688	阳性 (0.52)	无毒性	低过敏性
CSF	0.938752	阳性 (0.55)	无毒性	低过敏性
FGS	0.848001	阳性 (0.55)	无毒性	低过敏性
GAW	0.95923	阳性 (0.55)	无毒性	低过敏性
GPELF	0.799842	阳性 (0.55)	无毒性	低过敏性
NGQYYDYSGAPSIYWSYL	0.592428	阳性 (0.56)	无毒性	低过敏性
AAAHAEGDIGGMIALQPALNGGGINHCIF	0.530885	阳性 (0.56)	无毒性	低过敏性
GAY	0.546287	阳性 (0.58)	无毒性	低过敏性
QNW	0.769836	阳性 (0.58)	无毒性	低过敏性
MGGT	0.589573	阳性 (0.59)	无毒性	低过敏性
LVW	0.679093	阳性 (0.6)	无毒性	低过敏性
NGGG	0.630468	阳性 (0.62)	无毒性	低过敏性
GMALSPHVCR	0.630588	阳性 (0.62)	无毒性	低过敏性
PDQRF	0.818055	阳性 (0.62)	无毒性	低过敏性
WTN	0.511211	阳性 (0.62)	无毒性	低过敏性
LGR	0.620526	阳性 (0.63)	无毒性	低过敏性
APGDR	0.611329	阳性 (0.63)	无毒性	低过敏性
MQAIKCVVVGDGAVGKTCL	0.596152	阳性 (0.64)	无毒性	低过敏性
TGF	0.837013	阳性 (0.64)	无毒性	低过敏性
APR	0.649879	阳性 (0.65)	无毒性	低过敏性
FSPGPYG	0.903072	阳性 (0.65)	无毒性	低过敏性
MSGR	0.598963	阳性 (0.66)	无毒性	低过敏性
PEF	0.723457	阳性 (0.68)	无毒性	低过敏性
LPGDNDQIPF	0.642526	阴性 (0.39)	无毒性	低过敏性
FAYDPSAQNKF	0.666363	阴性 (0.41)	无毒性	低过敏性
DDFPNF	0.927081	阴性 (0.42)	无毒性	低过敏性
PHMAKDKRFEEICTKMRL	0.767377	阴性 (0.47)	无毒性	低过敏性
CSCYPDWMAIPGSGCY	0.929117	阳性 (0.54)	毒性	高过敏性
FTSGGMARDFPDGRGIWHNDKKNFL	0.57984	阳性 (0.51)	无毒性	低过敏性
STW	0.608876	阳性 (0.52)	无毒性	低过敏性
SNTAPGCAPF	0.746688	阳性 (0.52)	无毒性	低过敏性
CSF	0.938752	阳性 (0.55)	无毒性	低过敏性
FGS	0.848001	阳性 (0.55)	无毒性	低过敏性
GAW	0.95923	阳性 (0.55)	无毒性	低过敏性
GPELF	0.799842	阳性 (0.55)	无毒性	低过敏性
NGQYYDYSGAPSIYWSYL	0.592428	阳性 (0.56)	无毒性	低过敏性
AAAHAEGDIGGMIALQPALNGGGINHCIF	0.530885	阳性 (0.56)	无毒性	低过敏性
GAY	0.546287	阳性 (0.58)	无毒性	低过敏性
QNW	0.769836	阳性 (0.58)	无毒性	低过敏性
MGGT	0.589573	阳性 (0.59)	无毒性	低过敏性
LVW	0.679093	阳性 (0.6)	无毒性	低过敏性
NGGG	0.630468	阳性 (0.62)	无毒性	低过敏性
GMALSPHVCR	0.630588	阳性 (0.62)	无毒性	低过敏性
PDQRF	0.818055	阳性 (0.62)	无毒性	低过敏性
WTN	0.511211	阳性 (0.62)	无毒性	低过敏性
LGR	0.620526	阳性 (0.63)	无毒性	低过敏性
APGDR	0.611329	阳性 (0.63)	无毒性	低过敏性
MQAIKCVVVGDGAVGKTCL	0.596152	阳性 (0.64)	无毒性	低过敏性
TGF	0.837013	阳性 (0.64)	无毒性	低过敏性
APR	0.649879	阳性 (0.65)	无毒性	低过敏性
FSPGPYG	0.903072	阳性 (0.65)	无毒性	低过敏性
MSGR	0.598963	阳性 (0.66)	无毒性	低过敏性
PEF	0.723457	阳性 (0.68)	无毒性	低过敏性
PNF	0.937503	阳性 (0.7)	无毒性	低过敏性
DEAIRAVLCPPAKNKSKRSCQ	0.556741	阳性 (0.71)	无毒性	低过敏性
SCEDNLDQW	0.551231	阳性 (0.72)	无毒性	低过敏性
YGRL	0.758053	阳性 (0.72)	无毒性	低过敏性
DAW	0.81178	阳性 (0.73)	无毒性	低过敏性
STYDNDNDVYSINCASHSSYGRGAWWYKSCL	0.894838	阳性 (0.73)	无毒性	低过敏性
DQMW	0.873162	阳性 (0.74)	无毒性	低过敏性
FDPVIEEYHNGF	0.613992	阳性 (0.74)	无毒性	低过敏性
CNGQW	0.83143	阳性 (0.75)	无毒性	低过敏性
LQPAL	0.573567	阳性 (0.75)	无毒性	低过敏性
SDQQIIMCGDGTIRNEARNYC	0.771888	阳性 (0.76)	无毒性	低过敏性
CNGDY	0.565136	阳性 (0.77)	无毒性	低过敏性
KWVF	0.877281	阳性 (0.78)	无毒性	低过敏性
TSF	0.503464	阳性 (0.78)	无毒性	低过敏性
FAYDPAAQNKF	0.665849	阳性 (0.79)	无毒性	低过敏性
CGNDPNAHPDGY	0.545128	阳性 (0.82)	无毒性	低过敏性
FKCKL	0.73601	阳性 (0.82)	无毒性	低过敏性
VWNPQIIKCTRSNTAPGCAP	0.570157	阳性 (0.83)	无毒性	低过敏性
DFPDGR	0.836716	阳性 (0.85)	无毒性	低过敏性
HNGF	0.825278	阳性 (0.85)	无毒性	低过敏性
CSCYPDWMAIPGSGCYKYVDTPKT	0.744716	阳性 (0.86)	无毒性	低过敏性
DQW	0.7393	阳性 (0.87)	无毒性	低过敏性
GCMW	0.990831	阳性 (0.88)	无毒性	低过敏性
GIW	0.954702	阳性 (0.88)	无毒性	低过敏性
ERF	0.623648	阳性 (0.89)	无毒性	低过敏性
CDDLR	0.538337	阳性 (0.9)	无毒性	低过敏性
DSW	0.733247	阳性 (0.9)	无毒性	低过敏性
GGG	0.871626	阳性 (0.9)	无毒性	低过敏性
DCY	0.64835	阳性 (0.94)	无毒性	低过敏性
DDW	0.7639	阳性 (0.94)	无毒性	低过敏性
AF	0.973259	——————————	无毒性	低过敏性
AW	0.9669	——————————	无毒性	低过敏性
CF	0.99641	——————————	无毒性	低过敏性
DF	0.942412	——————————	无毒性	低过敏性
EF	0.598976	——————————	无毒性	低过敏性
FL	0.989567	——————————	无毒性	低过敏性
GF	0.994712	——————————	无毒性	低过敏性
GG	0.88736	——————————	无毒性	低过敏性
GH	0.530477	——————————	无毒性	低过敏性
GL	0.808777	——————————	无毒性	低过敏性
GR	0.766288	——————————	无毒性	低过敏性
GW	0.993164	——————————	无毒性	低过敏性
HF	0.950971	——————————	无毒性	低过敏性
IC	0.663199	——————————	无毒性	低过敏性
NF	0.941145	——————————	无毒性	低过敏性
RL	0.626352	——————————	无毒性	低过敏性
RR	0.565498	——————————	无毒性	低过敏性
SW	0.93391	——————————	无毒性	低过敏性
TF	0.826678	——————————	无毒性	低过敏性

附表1

参考文献 29

[1]	孔德新, 陈雪红, 谢靖, 等, 2015. 狭鳕鱼皮胶原蛋白肽对大鼠关节炎模型中氧化应激和炎症因子的影响[J]. 安徽农业科学, 43(26): 132-134.
	KONG DEXIN, CHEN XUEHONG, XIE JING, et al, 2015. Effect of collagen peptides from walleye pollock skin on oxidative stress and inflammatory cytokine in osteoarthritis rats[J]. Journal of Anhui Agricultural Sciences, 43(26): 132-134 (in Chinese with English abstract).
[2]	CHO W, PARK J, KIM J, et al, 2023. Low-molecular-weight fish collagen peptide (valine-glycine-proline-hydroxyproline-glycine-proline-alanine-glycine) prevents osteoarthritis symptoms in chondrocytes and monoiodoacetate-injected rats[J]. Marine Drugs, 21(12): 608. doi: 10.3390/md21120608
[3]	FENG JIANHUI, WANG HAOJIE, LUO XINYUE, et al, 2024. Identification and molecular mechanism of the anti-inflammatory effect of sea cucumber peptides: Network pharmacology, molecular docking and animal experiments[J]. International Journal of Biological Macromolecules, 279(Pt 2): 134958. doi: 10.1016/j.ijbiomac.2024.134958
[4]	GREENE M A, LOESER R F, 2015. Aging-related inflammation in osteoarthritis[J]. Osteoarthritis and Cartilage, 23(11): 1966-1971. doi: 10.1016/j.joca.2015.01.008 pmid: 26521742
[5]	HOANG T H, LIANG QI, LUO XUAN, et al, 2022. Bioactives from marine animals: potential benefits for human reproductive health[J]. Frontiers in Marine Science, 9: 872775. doi: 10.3389/fmars.2022.872775
[6]	HOUARD X, GOLDRING M B, BERENBAUM F, 2013. Homeostatic mechanisms in articular cartilage and role of inflammation in osteoarthritis[J]. Current Rheumatology Reports, 15(11): 375. doi: 10.1007/s11926-013-0375-6 pmid: 24072604
[7]	HU YUXI, NI CE, WANG YINGYING, et al, 2023. Research progress on the preparation and function of antioxidant peptides from walnuts[J]. International Journal of Molecular Sciences, 24(19): 14853. doi: 10.3390/ijms241914853
[8]	KEMP D C, KWON J Y, 2021. Fish and shellfish-derived anti-inflammatory protein products: properties and mechanisms[J]. Molecules, 26(11): 3225. doi: 10.3390/molecules26113225
[9]	KOOPMANS T, 1934. The classification of wave functions and eigenvalues to the single electrons of an atom[J]. Physica, 1: 104-113. doi: 10.1016/S0031-8914(34)90011-2
[10]	LEE CHENGTEH, YANG WEITAO, PARR R G, 1988. Development of the Colle-Salvetti correlation-energy formula into a functional of the electron density[J]. Physical Review B, 37(2): 785-789. doi: 10.1103/physrevb.37.785 pmid: 9944570
[11]	LEE H G, KIM H S, OH J Y, et al, 2021. Potential antioxidant properties of enzymatic hydrolysates from Stichopus japonicus against hydrogen peroxide-induced oxidative stress[J]. Antioxidants, 10(1): 110. doi: 10.3390/antiox10010110
[12]	LIU QIANG, HU XIAOQING, ZHANG XIN, et al, 2016. Effects of mechanical stress on chondrocyte phenotype and chondrocyte extracellular matrix expression[J]. Scientific Reports, 6: 37268. doi: 10.1038/srep37268 pmid: 27853300
[13]	LU ZHIQIANG, SUN NA, DONG LIU, et al, 2022. Production of bioactive peptides from sea cucumber and its potential health benefits: a comprehensive review[J]. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 70(25): 7607-7625. doi: 10.1021/acs.jafc.2c02696 pmid: 35715003
[14]	LORÈ N I, CHEN KONG, BULEK K, 2021. Editorial: the IL-17 cytokine family in tissue homeostasis and disease[J]. Frontiers in Immunology, 12: 641986. doi: 10.3389/fimmu.2021.641986
[15]	MAO JING, ZHAO YUNJIAO, WANG LECHEN, et al, 2023. Sea cucumber peptide alleviates ulcerative colitis induced by dextran sulfate sodium by alleviating gut microbiota imbalance and regulating miR-155/SOCS1 axis in mice[J]. Foods, 12(18): 3434. doi: 10.3390/foods12183434
[16]	MOHD HEIKAL M Y, AHMAD NAZRUN S, CHUA K H, et al, 2019. Stichopus chloronotus aqueous extract as a chondroprotective agent for human chondrocytes isolated from osteoarthitis articular cartilage in vitro[J]. Cytotechnology, 71(2): 521-537. doi: 10.1007/s10616-019-00298-2
[17]	MOREIRA F R C, DE OLIVEIRA T A, RAMOS N E, et al, 2021. The role of renin angiotensin system in the pathophysiology of rheumatoid arthritis[J]. Molecular Biology Reports, 48(9): 6619-6629. doi: 10.1007/s11033-021-06672-8 pmid: 34417705
[18]	MORELL C, GRAND A, TORO-LABBÉ A, 2005. New dual descriptor for chemical reactivity[J]. The Journal of Physical Chemistry A, 109(1): 205-212. doi: 10.1021/jp046577a
[19]	NIELSEN S D, BEVERLY R L, QU YUNYAO, et al, 2017. Milk bioactive peptide database: a comprehensive database of milk protein-derived bioactive peptides and novel visualization[J]. Food Chemistry, 232: 673-682. doi: S0308-8146(17)30622-2 pmid: 28490127
[20]	RIVERA-JIMÉNEZ J, BERRAQUERO-GARCÍA C, PÉREZ-GÁLVEZ R, et al, 2022. Peptides and protein hydrolysates exhibiting anti-inflammatory activity: sources, structural features and modulation mechanisms[J]. Food & Function, 13(24): 12510-12540.
[21]	SCHINOCCA C, RIZZO C, FASANO S, et al, 2021. Role of the IL-23/IL-17 pathway in rheumatic diseases: an overview[J]. Frontiers in Immunology, 12: 637829. doi: 10.3389/fimmu.2021.637829
[22]	SHAABAN S, ABDOU A, ALHAMZANI A G, et al, 2023. Synthesis and in silico investigation of organoselenium-clubbed schiff bases as potential m^pro inhibitors for the SARS-CoV-2 replication[J]. Life, 13(4): 912. doi: 10.3390/life13040912
[23]	SHOU YIWEN, FENG CHAO, LU QINPEI, et al, 2023. Research progress on the chemical components and biological activities of sea cucumber polypeptides[J]. Frontiers in Pharmacology, 14: 1290175. doi: 10.3389/fphar.2023.1290175
[24]	WENHAM C Y J, CONAGHAN P G, 2013. New horizons in osteoarthritis[J]. Age and Ageing, 42(3): 272-278. doi: 10.1093/ageing/aft043 pmid: 23568255
[25]	XIAO JUAN, ZHANG PING, CAI FANGLAN, et al, 2023. IL-17 in osteoarthritis: a narrative review[J]. Open Life Sciences, 18(1): 20220747. doi: 10.1515/biol-2022-0747
[26]	XIONG LING, LUO TAO, WANG LUANFENG, et al, 2022. Potential of food protein-derived peptides for the improvement of osteoarthritis[J]. Trends in Food Science & Technology, 129: 544-557.
[27]	YIN HAOWEN, YUE HAO, WANG MENG, et al, 2023. Peptides from sea cucumber intestine: preparation and promoting cartilage callus formation in mice with tibial fractures by promoting the polarization of M1 to M2 macrophages[J]. Journal of Functional Foods, 108: 105718. doi: 10.1016/j.jff.2023.105718
[28]	ZHAO QIANQIAN, LI ZHAOXIA, LIU ZEYU, et al, 2024. Preparation, typical structural characteristics and relieving effects on osteoarthritis of squid cartilage type II collagen peptides[J]. Food Research International, 191: 114697. doi: 10.1016/j.foodres.2024.114697
[29]	ZHOU XINDIE, LI JIN, ZHOU YUANSHUAI, et al, 2020. Down-regulated ciRS-7/up-regulated miR-7 axis aggravated cartilage degradation and autophagy defection by PI3K/AKT/mTOR activation mediated by IL-17A in osteoarthritis[J]. Aging, 12(20): 20163-20183. doi: 10.18632/aging.v12i20

UniProt检索号	蛋白检索名	蛋白名称	氨基酸总数	疏水性氨基酸比例	支链氨基酸比例
Q868M7	CEL3_CUCEC	Galactose/N-acetylgalactosamine-binding lectin CEL-III, Gal/GalNAc-binding lectin CEL-III, CEL-III, Hemolytic lectin CEL-III, Lectin CEL-III	442	55.66%	17.65%
A0A286QZ36	RAC1_STIJA	Ras-related protein Rac1, AjRac1	192	55.73%	23.44%
P80018	GLBC_MOLAR	Globin C, coelomic	159	55.35%	22.01%
P48557	H2B_HOLTU	Histone H2B	123	51.22%	15.45%
P15161	GLB1_PARCH	Globin-1, Globin I	158	55.70%	22.15%
P80017	GLBD_MOLAR	Globin D, coelomic	159	61.64%	12.58%
P21251	CALM_STIJA	Calmodulin, CaM	149	52.35%	16.11%
Q9XY07	KARG_STIJA	Arginine kinase, AK, EC:2.7.3.3	370	50.81%	19.73%
P62776	H4_HOLTU	Histone H4	103	85.44%	70.87%
P28766	SODM_APOCL	Superoxide dismutase [Mn], mitochondrial, EC:1.15.1.1	144	69.44%	20.14%
P14309	PHI0_HOLTU	Sperm-specific protein Phi-0	78	46.15%	6.41%
Q7M3Y0	SJL1_STIJA	Lectin 1, Stichopus japonicas lectin 1, SjL-1	143	60.84%	11.19%
P19477	FIBA_APOPA	Fibrinogen-like protein A, FREP-A	282	48.94%	16.67%

肽序列	对接结合能(kcal·mol^-1)
肽序列	MMP9(8K5Y)	IL-17RA(5N9B)
FDPVIEEYHNGF	-9.1	-7.0
KWVF	-8.4	-6.7
SPGPY	-8.1	-6.9
DDW	-7.9	-6.3
YGRL	-7.8	-6.6
LMWCP*	-7.8	-6.4
DFPDGR	-7.5	-6.6
GHSR	-7.3	-5.8
DAW	-7.2	-6.2
TW	-7.2	-6.7
GW	-7.1	-6.3
GROW	-6.7	-7.0
APGDR	-6.6	-6.0
APR	-6.6	-6.4
AW	-6.6	-6.2
LVW	-6.6	-6.3
FAYDPAAQNKF	-6.3	-8.0
GVIF	-6.3	-6.1
NDHGF	-6.3	-6.3
ERF	-6.1	-5.8
FL	-6.1	-5.5
RR	-6.1	-5.8
SCIIP*	-6.0	-5.3
NGQYYDYSGAPSIYWSYL	-5.7	-6.4
GR	-5.6	-5.0
EF	-5.5	-5.5

参数	KWVF	FDPVIEEYHNGF	SPGPY	LMWCP	SCIIP
E_HOMO/(kJ·mol^-1)	-0.00567	-0.06577	-0.00885	-0.02392	-0.03917
E_LUMO/(kJ·mol^-1)	-0.199	-0.2097	-0.22609	-0.20165	-0.21981
ΔE_HOMO-LUMO	0.19333	0.14393	0.21724	0.17773	0.18064
I=-E_HOMO	0.00567	0.06577	0.00885	0.02392	0.03917
A=-E_LUMO	0.199	0.2097	0.22609	0.20165	0.21981
χ=(I+A)/2	0.102335	0.137735	0.11747	0.112785	0.12949
μ=-(I+A)/2	-0.102335	-0.137735	-0.11747	-0.112785	-0.12949
η= (I-A)/2	0.096665	0.071965	-0.10862	-0.088865	-0.09032
S= 1/η	10.34500595	13.89564372	-9.20640766	-11.25302425	-11.07174491
ω= μ²/2η	0.05416879	0.131806644	-0.063520534	-0.071571801	-0.092823628

基于网络药理学、分子对接和量子化学虚拟筛选潜在抗骨关节炎海参活性肽及其机理^*

Virtual screening of potential anti-osteoarthritic peptides from sea cucumber and their mechanisms based on network pharmacology, molecular docking, and quantum chemistry calculation*

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